Isaakios kết hôn với Catherine, con gái của Ivan Vladislav, Sa hoàng Bulgaria.[12] Isaakios đã đưa bà lên làm Augusta.[20] Sau khi chồng mình thoái vị, bà dường như có ra tham chính với Konstantinos X, nhưng sau cùng đã thoái ẩn về tu viện Myrelaion dưới pháp danh Xene.[21]

Cả hai vợ chồng có với nhau hai đứa con gồm:[22]

• Manuel Komnenos (khoảng 1030 – 1042/57), có khả năng là "con trai của Komnenos" được ghi nhận là đã đính hôn với con gái của protospatharios Helios. Ông mất vào khoảng năm 1042–1057.[23]
• Maria Komnene (sinh khoảng 1034), Psellos từng nhận xét về vẻ đẹp sắc nước hương trời của bà, thế nhưng bà vẫn chưa thành gia lập thất và cùng thoái ẩn với mẫu hậu về Myrelaion.[24]